Quel logiciel de comptabilité gratuit choisir en auto-entrepreneur ?

Ce que la loi vous impose en micro-entreprise

C'est le point que la plupart des comparatifs sautent, alors qu'il détermine l'outil dont vous avez besoin. En micro-entreprise, vous êtes dispensé de bilan, de compte de résultat et de liasse fiscale. Vos obligations tiennent en deux registres, et elles diffèrent selon votre régime.

• Micro-BIC (achat-revente, hébergement, prestations commerciales) : un livre des recettes et un registre des achats. Les deux, avec le détail de chaque opération, sa date, sa référence et son mode de règlement.
• Micro-BNC (professions libérales, consultants, développeurs) : un livre des recettes uniquement, avec l'identité du client et le mode d'encaissement. Pas de registre des achats obligatoire.

Vos seuils : 77 700 € de chiffre d'affaires en prestations de services et professions libérales, 188 700 € en achat-revente et hébergement. Le détail des paliers est dans notre page sur le plafond de la micro-entreprise, et les règles de TVA dans celle sur le seuil de TVA de l'auto-entrepreneur.

Ce que "gratuit" veut vraiment dire

Avant de vous lancer, voici ce que recouvre le terme "gratuit" dans le monde de la comptabilité :

• 100% gratuit illimité : logiciels open source comme GnuCash ou Manager.io (version desktop). Pas de limite de fonctionnalités.
• Freemium : un plan de base gratuit avec des fonctionnalités limitées (nombre de factures, clients, utilisateurs). Vous payez si vous dépassez les seuils.
• Essai gratuit : accès complet pendant 14 à 30 jours, puis abonnement payant. Ce n'est pas un logiciel "gratuit" à proprement parler.

1. Indy : le freemium français pour indépendants

Indy (anciennement IndyApp) est un outil français conçu pour les indépendants et micro-entrepreneurs. Son plan gratuit, appelé Essentiel, couvre les devis et factures illimités, la comptabilité automatisée et la facturation électronique. Les plans payants démarrent à 9 €/mois HT (Plus) et 15 €/mois HT (Premium, avec les télédéclarations).

• Synchronisation bancaire : connexion directe à votre compte professionnel pour un import automatique des transactions
• Déclarations auto-remplies : chiffre d'affaires, TVA, les formulaires se remplissent quasi seuls
• Facturation : création et envoi de factures conformes aux exigences françaises
• Spécifique France : parfaitement adapté aux régimes micro-BNC, micro-BIC et aux déclarations URSSAF
• Interface en français : pensée pour les indépendants qui ne veulent pas apprendre la comptabilité

Limite principale : le plan gratuit est limité en fonctionnalités avancées. Pour la comptabilité complète d'une société (SAS, SARL), il faut passer au plan payant ou à un expert-comptable. Notre avis détaillé sur Indy compare en détail les versions gratuite et payante.

2. Henrri : 100% gratuit par Cegid

Henrri est un logiciel de gestion et de facturation 100% gratuit, sans limite dans le temps, développé par Cegid, l'un des leaders français du logiciel de gestion d'entreprise. C'est une des rares solutions où "gratuit" veut dire vraiment gratuit, sans plan premium caché derrière les fonctionnalités de base.

• Facturation illimitée : devis, factures, avoirs, sans restriction de volume sur le plan gratuit
• Gestion des achats : suivi des dépenses fournisseurs et des notes de frais
• Tableau de bord de trésorerie : vision claire de vos entrées et sorties
• Relances automatiques : rappels de paiement paramétrables
• 100% en français : conçu pour les TPE et indépendants français
• Cloud : accessible depuis n'importe quel navigateur, données sauvegardées

Limite principale : Henrri est avant tout un outil de gestion et de facturation, pas un logiciel de comptabilité au sens strict. Il ne génère pas de bilan ni de liasse fiscale. Pour ces usages, il faudra compléter avec un expert-comptable.

3. Abby : facturation et compta pour freelances

Abby est une solution française de facturation et de suivi comptable destinée aux freelances, auto-entrepreneurs et petites structures. Son plan gratuit, appelé Basique, couvre les devis et factures illimités, le livre des recettes et des achats et l'estimation des cotisations URSSAF.

• Facturation : devis et factures personnalisables, envoi par e-mail en un clic
• Suivi des dépenses : catégorisation des charges, capture de justificatifs
• Connexion bancaire : import des transactions pour un suivi en temps réel
• Cotisations estimées : le plan gratuit estime vos cotisations URSSAF et alerte sur les seuils de TVA, la télédéclaration est réservée aux plans payants (à partir de 9 €/mois)
• Interface soignée : expérience utilisateur pensée pour les non-comptables
• Application mobile : saisie des dépenses en déplacement

Limite principale : comme Henrri, Abby reste un outil de gestion et de facturation. Le plan gratuit peut être limité en volume selon l'évolution de l'offre. Au-delà d'une micro-entreprise, un expert-comptable reste nécessaire pour les obligations légales. Pour aller plus loin, consultez notre avis complet sur Abby.

4. GnuCash : le plus complet en open source

GnuCash est un logiciel de comptabilité libre et gratuit, disponible sur Windows, Mac et Linux. C'est l'un des rares outils vraiment complets sans aucune limitation artificielle.

• Comptabilité en partie double : le système de référence utilisé par tous les experts-comptables
• Plan comptable français : possible d'importer ou configurer le PCG (Plan Comptable Général)
• Rapports financiers : bilan, compte de résultat, flux de trésorerie
• Suivi bancaire : rapprochement des relevés, gestion multi-comptes
• Factures et devis : module de facturation intégré

Limite principale : interface vieillissante, pas de version cloud native, et courbe d'apprentissage prononcée pour les non-comptables.

5. Wave Accounting : le choix des freelances

Wave est une solution cloud américaine dont le plan Starter reste gratuit. Attention : depuis le passage à une offre en deux niveaux, l'import bancaire automatique n'est plus dans le plan gratuit mais dans le plan Pro, à 19 $/mois.

• Facturation illimitée : devis, factures et écritures sans limite de volume, y compris sur le plan gratuit
• Saisie manuelle : catégorisation des dépenses à la main, l'import et le rapprochement bancaires automatiques sont réservés au plan Pro
• Rapports : bilan simplifié, compte de résultat, TVA
• Multi-devises : pratique pour les freelances avec des clients étrangers

Limite principale : interface en anglais, pas adapté au plan comptable français, et l'automatisation bancaire comme la paie sont payantes. Pour un auto-entrepreneur français, Indy, Henrri ou Abby sont plus pertinents.

6. Odoo Community : pour les plus techniques

Odoo Community Edition est un ERP (logiciel de gestion intégré) open source qui inclut un module de comptabilité complet. C'est la solution la plus puissante de cette liste, mais aussi la plus complexe à mettre en place.

• Comptabilité complète : journal, grand livre, plan comptable français
• ERP intégré : ventes, achats, stocks, facturation, RH dans un seul outil
• Personnalisable : des milliers de modules disponibles
• Communauté active : documentation, forums, prestataires spécialisés

Limite principale : installation et maintenance complexes, hébergement à prévoir. La synchronisation bancaire, la gestion des immobilisations et la comptabilité analytique sont réservées à l'édition Enterprise, payante. Compter sur un prestataire pour la mise en place.

7. Manager.io : simple et puissant en local

Manager.io a une version desktop entièrement gratuite et sans limitation. C'est l'une des meilleures options pour les petites structures qui veulent une vraie comptabilité sans abonnement cloud.

• Comptabilité complète : partie double, plan comptable personnalisable
• Facturation et devis : modèles personnalisables
• Gestion des immobilisations : amortissements automatiques
• Multi-entreprises : gérer plusieurs entités dans le même logiciel
• Exportations : PDF, Excel

Limite principale : la version cloud, seule à permettre le multi-utilisateurs et l'accès à distance, coûte 59 $/mois. Sur la version desktop, les sauvegardes sont à gérer manuellement.

8. Akaunting : le cloud open source

Akaunting est gratuit uniquement si vous l'hébergez vous-même : le cœur du logiciel est open source. Le plan cloud gratuit a disparu, l'offre hébergée démarre désormais à 8 $/mois.

• Interface moderne : tableau de bord clair, prise en main rapide
• Facturation : devis, factures récurrentes, rappels
• Suivi des dépenses : catégorisation, rattachement de justificatifs
• Applications tierces : intégrations Stripe, PayPal, Zapier
• Multi-devises et multi-taxes : TVA configurable

Limite principale : gratuit seulement en auto-hébergement, ce qui suppose un serveur et un minimum de compétences techniques. Beaucoup de modules sont payants à l'unité, et la comptabilité avancée en demande plusieurs.

9. LibreOffice Calc : la solution DIY

Souvent oubliée, la solution tableur reste pertinente pour les structures très simples. LibreOffice Calc (équivalent gratuit d'Excel) permet de gérer une comptabilité basique à partir de modèles préformatés.

• Totalement gratuit : open source, sans aucune limitation
• Flexibilité totale : vous construisez exactement ce dont vous avez besoin
• Modèles disponibles : nombreux templates comptables téléchargeables en ligne
• Pas de dépendance : vos données restent dans vos fichiers locaux

Limite principale : aucune automatisation, risque d'erreurs, pas de fonctionnalité de rapprochement bancaire, et les livres de compte tenus sur tableur ne constituent pas une comptabilité "certifiée" aux yeux de l'administration fiscale.

Bonus. Excel : l'éléphant dans la pièce

Si on dressait la liste des outils les plus utilisés par les auto-entrepreneurs français pour tenir leurs comptes, Microsoft Excel et son cousin gratuit Google Sheets seraient en tête, loin devant les logiciels dédiés.

Des milliers d'entrepreneurs gèrent leur chiffre d'affaires, leurs charges et leur TVA dans un fichier .xlsx sobrement intitulé "Compta 2024 FINAL v3 bis (1).xlsx". Ça marche, jusqu'au jour où une cellule mal référencée fausse une déclaration.

• Gratuit : Google Sheets l'est complètement, Excel via Microsoft 365 (payant)
• Flexibilité infinie : vous pouvez tout faire, y compris n'importe quoi
• Zéro automatisation : chaque formule, chaque calcul, chaque erreur est de votre main
• Risque d'erreurs élevé : une cellule mal référencée et votre bilan est faux
• Non conforme : un tableur ne constitue pas une comptabilité légale pour une société

Si vous êtes micro-entrepreneur avec 3 clients et 12 factures par an, un tableur bien tenu peut dépanner. Mais si vous lisez cet article jusqu'ici, c'est que vous cherchez probablement mieux. Les solutions citées plus haut (Indy, Henrri ou Abby en tête) font le même travail, en mieux, gratuitement, et sans risquer de perdre 3 ans de données lors d'une mise à jour Windows.

Tableau comparatif

Offres et tarifs relevés sur les pages officielles des éditeurs le 27 juillet 2026. Les plans gratuits évoluent souvent : vérifiez la grille en vigueur avant de vous engager.

Quand passer à un expert-comptable ?

Tant que vous restez en micro-entreprise, les outils ci-dessus suffisent. Voici les trois situations où ça ne tient plus :

• Création d'une société (SAS, SARL, EURL…) : les obligations comptables sont strictes (bilan, liasse fiscale, dépôt au greffe) et exposent le dirigeant à des sanctions en cas d'erreur.
• Dépassement des seuils de la micro-entreprise : au-delà de 77 700 € (services) ou 188 700 € (ventes), vous basculez au régime réel et la comptabilité devient bien plus complexe.
• Salariés : la gestion de la paie nécessite des compétences spécifiques et est source d'erreurs fréquentes.
• Contrôle fiscal : un expert-comptable vous accompagne et vous représente devant l'administration.
• Optimisation fiscale : IS vs IR, rémunération du dirigeant, dividendes. Les économies potentielles dépassent souvent largement les honoraires.

Questions fréquentes