Combien coûte un expert-comptable pour un professionnel de santé ?

Médecin, chirurgien-dentiste, infirmier libéral, kinésithérapeute, orthophoniste... En exercice libéral, vous relevez du régime des bénéfices non commerciaux (BNC) et devez déposer chaque année une déclaration 2035. Cette liasse fiscale, plus technique qu'il n'y paraît, justifie presque toujours le recours à un expert-comptable. Comptez 50 à 150€ HT/mois chez un cabinet en ligne, ou 150 à 300€ dans un cabinet traditionnel — avec des écarts importants selon votre structure juridique et votre spécialité.

Sommaire

Les tarifs par profil de professionnel de santé

Le coût d'un expert-comptable pour un professionnel de santé varie principalement selon deux facteurs : la structure juridique choisie (exercice seul, SCM, SELARL…) et la complexité de l'activité (volume d'actes, dépassements d'honoraires, TVA, salariés).

Profil Cabinet en ligne Cabinet traditionnel
Infirmier libéral / Kiné (EI, BNC simple) 50 – 90€ HT/mois 100 – 180€ HT/mois
Médecin généraliste (EI, secteur 1) 80 – 130€ HT/mois 150 – 250€ HT/mois
Médecin spécialiste / Dentiste (EI, secteur 2) 100 – 180€ HT/mois 180 – 300€ HT/mois
+ SCM (gestion des frais communs) +30 – 60€ HT/mois +60 – 120€ HT/mois
Médecin / Dentiste en SELARL ou SELAS 150 – 300€ HT/mois 250 – 500€ HT/mois
Bon à savoir : les tarifs indiqués s'entendent pour une mission complète (tenue de comptabilité + déclaration 2035 + liasse fiscale + conseils courants). La paie d'un ou plusieurs salariés (secrétaire médicale, assistante) est presque toujours facturée en supplément : comptez 15 à 40€ HT par bulletin. Utilisez notre simulateur de tarif pour obtenir une estimation personnalisée.

La déclaration 2035 : ce qu'elle implique vraiment

En exercice libéral, vos revenus relèvent des bénéfices non commerciaux (BNC) — non pas des BIC comme pour un commerçant ou un artisan. La liasse fiscale BNC, appelée déclaration 2035, doit être déposée chaque année avant mi-mai (ou mi-juin en dématérialisation).

Cette déclaration est plus technique que la simple déclaration de revenus. Elle comprend :

  • Le bilan simplifié des actifs professionnels (matériel médical, véhicule, mobilier)
  • Le compte de résultat : recettes BNC encaissées, charges réellement payées
  • Le tableau des immobilisations et des amortissements (matériel, agencements)
  • Les renseignements complémentaires : cotisations sociales, honoraires rétrocédés, frais de véhicule (au réel ou au forfait kilométrique), charges financières
  • La prise en compte des notes de débours (médicaments, prothèses) qui peuvent être exclues de la base imposable

À cela s'ajoute la gestion des cotisations CARMF (médecins), CARPIMKO (paramédicaux), CARCDSF (chirurgiens-dentistes) ou autres caisses de retraite professionnelles — dont le traitement fiscal est spécifique et souvent mal maîtrisé sans expert-comptable.

Piège classique : confondre les recettes BNC (honoraires encaissés) avec les honoraires facturés. Le BNC fonctionne en comptabilité de trésorerie — vous déclarez ce que vous avez réellement encaissé dans l'année, pas ce que vous avez facturé. Une erreur fréquente chez les praticiens qui se gèrent seuls.

Ce que comprend un forfait professionnel de santé

Un forfait standard pour un professionnel de santé en exercice libéral (EI, BNC, régime réel) inclut généralement :

  • Tenue de comptabilité : saisie ou import des recettes et dépenses professionnelles
  • Déclaration 2035 complète avec toutes les annexes
  • Gestion des amortissements : matériel médical, mobilier, véhicule, agencements
  • Cotisations sociales : calcul et optimisation des cotisations URSSAF, calcul des indemnités journalières si maladie
  • Adhésion et dossier AGA : envoi de la liasse à l'Association de Gestion Agréée
  • Conseils courants : réponses aux questions fiscales et sociales tout au long de l'année

Les missions suivantes sont souvent facturées en supplément :

  • Bulletins de paie (secrétaire, assistante)
  • Constitution d'une SCM ou passage en SELARL/SELAS
  • Déclaration TVA (si vous facturez des actes soumis à TVA — dépassements esthétiques, bilanss)
  • Audit préalable à l'installation ou au rachat d'un cabinet
  • Négociation et reprise de clientèle (cession de patientèle)

Expert-comptable en ligne : adapté aux professionnels de santé ?

La réponse est oui — sous réserve de choisir un cabinet qui maîtrise les spécificités BNC et les structures médicales. Un expert-comptable en ligne n'est pas adapté uniquement aux start-ups et aux freelances tech : plusieurs cabinets se sont positionnés spécifiquement sur les professions réglementées et libérales.

Les avantages pour un professionnel de santé sont réels :

  • 30 à 50% moins cher qu'un cabinet traditionnel pour une mission équivalente
  • Disponibilité asynchrone : vous envoyez vos documents quand vous avez le temps, pas seulement pendant les heures d'ouverture d'un cabinet
  • Dématérialisation complète : plus de déplacements pour signer des documents
  • Interlocuteur dédié : même si tout se passe en ligne, un comptable attitré connaît votre dossier

Parmi les cabinets en ligne pertinents pour les professionnels de santé :

  • SOCIC — le spécialiste incontournable des professions libérales (médecins, avocats, architectes, consultants). Gère la déclaration 2035, l'adhésion à une AGA et les structures médicales (SCM, SELARL, SELAS). À partir de 59€ HT/mois.
  • Keobiz — cabinet en ligne polyvalent acceptant les professions libérales au BNC. Bon rapport qualité/prix pour les paramédicaux (infirmiers, kinés, orthophonistes) avec une activité simple.
  • Amarris Direct — cabinet comptable en ligne qui accompagne les professions libérales et les TPE. Particulièrement adapté aux praticiens qui souhaitent un suivi de gestion renforcé en plus de la comptabilité pure.
  • Ça Compte Pour Moi — cabinet expert-comptable en ligne gérant les professions libérales et les structures médicales. Option à considérer pour les praticiens qui apprécient une interface digitale claire.
À vérifier avant de signer : demandez explicitement si le cabinet gère la déclaration 2035, votre caisse de retraite professionnelle (CARMF, CARPIMKO, etc.) et l'adhésion à une AGA. Certains cabinets généralistes sous-traitent ces spécificités ou les facturent en option.

L'AGA : pourquoi elle change tout pour un libéral

L'Association de Gestion Agréée (AGA) est un organisme agréé par l'administration fiscale, dont le rôle est de contrôler la sincérité de votre déclaration 2035 et de vous accompagner dans vos obligations fiscales. L'adhésion est facultative mais presque systématiquement recommandée pour les professions libérales.

Pourquoi adhérer à une AGA ?

  • Réduction d'impôt sur les frais de comptabilité : vous bénéficiez d'une réduction d'impôt égale aux deux tiers de vos frais de comptabilité et d'adhésion, plafonnée à 915€ par an. Pour 1 000€ d'honoraires annuels, l'État vous rembourse 667€ via la réduction d'impôt.
  • Contrôle préventif de la 2035 : l'AGA vérifie votre liasse avant dépôt et signale les anomalies. C'est un filet de sécurité qui réduit le risque de contrôle fiscal.
  • Assistance fiscale tout au long de l'année : questions sur les charges déductibles, le régime de TVA, les cotisations sociales.

La cotisation annuelle à une AGA varie entre 150 et 250€/an selon l'organisme. Elle est elle-même déductible et prise en compte dans la réduction d'impôt. Résultat net : l'AGA vous coûte souvent moins de 50€ réels après avantages fiscaux.

Votre expert-comptable peut gérer l'adhésion et l'envoi de la liasse à l'AGA pour vous — c'est inclus dans la plupart des forfaits professions libérales chez SOCIC, Keobiz ou Amarris.

SCM, SELARL, SELAS : quand la structure complique la mission

L'exercice en groupe ou sous forme de société modifie sensiblement le périmètre de la mission comptable — et donc la facture.

La SCM (Société Civile de Moyens)

La SCM permet à plusieurs praticiens de partager des frais communs (loyer, matériel, secrétariat) sans exercer ensemble. Chaque associé reste indépendant au niveau fiscal. La SCM doit néanmoins tenir une comptabilité propre et déposer une liasse annuelle. Cela représente une mission supplémentaire de 30 à 80€/mois selon la taille, en plus de votre 2035 individuelle.

La SELARL / SELAS (exercice en société)

La Société d'Exercice Libéral (SEL) vous permet d'exercer sous forme de société commerciale soumise à l'IS. La comptabilité change radicalement : bilan complet, compte de résultat, liasse IS, déclarations TVA (trimestrielles ou mensuelles), fiches de paie pour le gérant... C'est une mission de société à part entière, facturée entre 150 et 350€/mois chez un cabinet en ligne.

SELARL ou EI ? Le passage en SELARL peut être fiscalement intéressant au-delà de 80 000€ de bénéfice annuel, grâce à l'optimisation dividendes/rémunération. En dessous, le gain fiscal est souvent absorbé par le surcoût comptable. Demandez une simulation à votre expert-comptable avant de vous lancer. Si vous créez une SELAS, notre guide sur les coûts d'une SASU peut vous donner des ordres de grandeur comparables.

Les honoraires d'expert-comptable sont-ils déductibles ?

Oui — et c'est une des spécificités les plus avantageuses pour les professions libérales.

  • Déductibilité totale du bénéfice BNC : les honoraires versés à votre expert-comptable constituent une charge professionnelle déductible de votre déclaration 2035. Si vos honoraires sont de 1 200€/an et votre taux marginal d'imposition de 41%, vous économisez 492€ d'impôt sur le revenu — votre comptable ne vous coûte réellement que 708€.
  • Réduction d'impôt AGA : si vous êtes adhérent d'une AGA, vous bénéficiez en plus d'une réduction d'impôt de 2/3 des frais de comptabilité (honoraires + cotisation AGA), plafonnée à 915€/an. Cette réduction s'applique en plus de la déductibilité.

Exemple concret pour un médecin généraliste avec un compte AGA :

  • Honoraires expert-comptable annuels : 1 200€
  • Cotisation AGA : 200€
  • Total : 1 400€
  • Déductibilité BNC (TMI 41%) : −574€ d'impôt
  • Réduction d'impôt AGA (2/3 × 1 400€, plafonné à 915€) : −915€
  • Coût réel net : 1 400 − 574 − 915 = négatif → l'État vous rembourse plus que vous ne payez

Attention : la réduction d'impôt AGA ne peut pas créer un remboursement (elle s'impute sur l'impôt dû). Si votre impôt est inférieur à 915€, l'excédent est perdu. Mais pour la plupart des praticiens, le bilan fiscal est très favorable.

Questions fréquentes

Combien coûte un expert-comptable pour un médecin libéral ?

Un médecin libéral au régime BNC réel dépense en moyenne 80 à 150€ HT/mois chez un cabinet en ligne spécialisé, ou 150 à 300€ dans un cabinet traditionnel. La fourchette basse correspond à une activité simple (EI, sans SCM ni société). Dès que vous exercez en SELARL, comptez 150 à 300€/mois minimum.

Un expert-comptable est-il obligatoire pour un professionnel de santé libéral ?

Non, pas légalement. Mais la déclaration 2035 est technique et les enjeux fiscaux importants. La quasi-totalité des médecins et dentistes font appel à un expert-comptable dès leur installation. L'adhésion à une AGA est également fortement conseillée.

Peut-on utiliser un expert-comptable en ligne quand on est médecin ?

Oui. Des cabinets comme SOCIC (spécialiste professions libérales, dès 59€/mois), Keobiz ou Amarris Direct gèrent la 2035, l'AGA et les structures comme la SCM ou la SELARL. L'expert-comptable en ligne est 30 à 50% moins cher pour une prestation équivalente.

Les honoraires d'expert-comptable sont-ils déductibles pour un professionnel de santé ?

Oui, en totalité au régime BNC réel. Si vous êtes adhérent AGA, vous bénéficiez en plus d'une réduction d'impôt égale aux deux tiers de vos frais de comptabilité (plafonné à 915€/an). Dans de nombreux cas, le coût réel net est quasi nul.

Qu'est-ce qu'une AGA et pourquoi y adhérer ?

Une AGA (Association de Gestion Agréée) contrôle votre 2035 et vous ouvre droit à une réduction d'impôt sur vos frais de comptabilité (2/3 des frais, max 915€/an). La cotisation coûte 150 à 250€/an — largement compensée par les avantages fiscaux. Votre expert-comptable gère l'adhésion pour vous.

Mon cabinet compte plusieurs associés : comment est calculé le tarif ?

En SCM, la gestion de la société s'ajoute à votre 2035 personnelle (+30 à 80€/mois). En SELARL/SELAS, c'est une comptabilité de société complète : comptez 150 à 350€/mois chez un cabinet en ligne.