Les meilleurs logiciels de facturation électronique agréés en 2026

1. Deux conformités à ne pas confondre

Quand on parle de logiciel de facturation « agréé », deux réglementations différentes se cachent derrière le mot. Les confondre, c'est risquer de choisir un outil conforme à l'une mais pas à l'autre.

• La loi anti-fraude TVA (depuis 2018) : l'article 286 bis du Code général des impôts impose que tout logiciel servant à encaisser des particuliers (B2C) soit inaltérable, sécurisé, conservé et archivé. La preuve passe par un certificat (norme NF 525, délivrée par AFNOR Certification) ou une attestation de l'éditeur. Une amende de 7 500€ par logiciel non conforme sanctionne l'absence de preuve.
• La réforme de la facturation électronique (2026-2027) : issue de l'ordonnance n° 2021-1190 et confirmée par les lois de finances successives, elle impose d'émettre et recevoir les factures B2B au format électronique structuré, via une Plateforme Agréée ou le Portail Public de Facturation (PPF), avec transmission des données à l'administration (e-reporting).

2. Le calendrier de la réforme 2026-2027

Deux obligations distinctes, deux logiques de déploiement. La réception concerne tout le monde à la même date. L'émission arrive par paliers selon la taille de l'entreprise.

Calendrier en vigueur à la date de mise à jour. La réforme a déjà été reportée plusieurs fois depuis 2022 : vérifiez la version officielle sur impots.gouv.fr avant de planifier.

La conséquence pratique : même une micro-entreprise devra recevoir ses factures au format électronique dès septembre 2026. Choisir un logiciel déjà raccordé en tant que PDP, ou interopérable avec le PPF, évite une migration en urgence à l'été 2027.

3. Notre classement des logiciels de facturation conformes

Dix-huit solutions cochent les cases de la conformité. Nous les avons classées en commençant par celles qui sont les plus en avance sur la réforme e-facture (statut Plateforme Agréée confirmé), puis par profil d'usage. Pour chacune : le statut Plateforme Agréée (ex-PDP), le positionnement, le tarif d'entrée et la limite à connaître.

1. Indy : facturation gratuite et statut PDP pour les indépendants

Indy est un logiciel de comptabilité et de facturation pour indépendants, doté d'une formule de facturation gratuite et du statut de Plateforme de Dématérialisation Partenaire. C'est l'un des outils les plus adaptés aux freelances qui veulent être conformes à la réforme sans surcoût.

• Statut e-facture : PDP agréée, réception et émission gérées nativement
• Positionnement : compta automatisée, facturation et compte pro pour indépendants
• Tarif : facturation gratuite, déclarations dès 9€ HT/mois en formule Plus
• Limite : ce n'est pas un expert-comptable inscrit à l'Ordre, pas de gestion de paie ni d'intégrations tierces (Stripe, Shopify)

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2. Tiime : PDP immatriculée et compte pro intégré

Tiime fait partie des solutions françaises disposant du statut de Plateforme de Dématérialisation Partenaire. Adoptée par 300 000 entrepreneurs, elle combine facturation électronique, compte pro Mastercard, notes de frais et collaboration avec un réseau de 2 000 cabinets partenaires.

• Statut e-facture : PDP agréée, réception des factures électroniques gérée nativement
• Positionnement : plateforme tout-en-1 facturation + compte pro pour freelances et TPE
• Tarif : facturation gratuite (offre Free), compte pro et tableaux de bord dès 17,99€ HT/mois (Smart), prévisionnel et API dès 24,99€ HT/mois (Business)
• Limite : pas de gestion des SCI ni des holdings, expertise comptable via un cabinet partenaire

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3. Pennylane : la référence des experts-comptables

Pennylane est le logiciel de gestion et de comptabilité le plus adopté par les cabinets d'expertise comptable et leurs clients TPE/PME. La plateforme réunit facturation, comptabilité et trésorerie en temps réel, et figure parmi les éditeurs immatriculés comme PDP.

• Statut e-facture : PDP, prêt pour l'émission et la réception au format structuré
• Positionnement : plateforme collaborative pilotée avec votre expert-comptable, plus de 120 intégrations
• Tarif : dès 14€ HT/mois en logiciel seul, intégré au forfait du cabinet partenaire sinon
• Limite : Pennylane est un logiciel, pas un cabinet inscrit à l'Ordre ; ne gère ni SCI ni holding en natif

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4. Qonto : compte pro et facturation gratuite immatriculée

Qonto est la néobanque pro la plus utilisée en France et figure parmi les Plateformes Agréées immatriculées par la DGFiP. Son outil de facturation est inclus dans le compte pro : devis, factures, relances et réception des factures électroniques se gèrent au même endroit que les paiements et la pré-comptabilité.

• Statut e-facture : Plateforme Agréée immatriculée, émission et réception au format structuré
• Positionnement : compte pro + facturation + pré-compta, nombreuses intégrations (dont logiciels comptables)
• Tarif : facturation incluse, compte pro dès 9€ HT/mois
• Limite : ce n'est ni un logiciel de comptabilité complet, ni un expert-comptable ; la tenue comptable passe par un outil ou un cabinet tiers

5. Sage : la solution des PME établies, Plateforme Agréée

Sage est un éditeur reconnu des experts-comptables français et figure parmi les Plateformes Agréées immatriculées. Sa gamme combine la puissance d'un logiciel de gestion avec la flexibilité du cloud, et intègre la conformité à la loi anti-fraude.

• Statut e-facture : Plateforme Agréée immatriculée (vérifiez l'activation selon votre produit Sage)
• Conformité loi 2018 : attestation éditeur, piste d'audit complète
• Positionnement : facturation et comptabilité intégrées, multi-utilisateurs, gestion commerciale
• Tarif : dès 39€ HT/mois
• Limite : mieux adapté aux PME qu'aux freelances, prise en main moins immédiate

6. Sellsy : CRM, facturation et trésorerie pour le B2B

Sellsy est une solution française qui réunit CRM, facturation et gestion de trésorerie, et fait partie des Plateformes Agréées immatriculées. Son approche tout-en-un parle aux équipes commerciales qui veulent piloter le cycle de vente jusqu'à l'encaissement depuis un seul outil.

• Statut e-facture : Plateforme Agréée immatriculée, émission et réception au format structuré
• Conformité loi 2018 : attestation éditeur, données sécurisées et archivées
• Positionnement : CRM intégré, trésorerie prévisionnelle, portail client, catalogue produits
• Tarif : dès 45€ HT/mois
• Limite : comptabilité partielle, plus orienté pilotage commercial que tenue comptable complète

7. EBP : la valeur sûre des artisans et TPE

EBP est l'un des éditeurs français les plus implantés chez les artisans, commerçants et TPE. Ses logiciels sont certifiés NF 525 et accompagnés d'une attestation individuelle conforme à la loi anti-fraude 2018. En revanche, EBP ne figure pas (encore) en nom propre sur la liste des Plateformes Agréées : l'e-facture passe par le PPF ou une PA partenaire.

• Statut e-facture : non immatriculée Plateforme Agréée ; raccordement via le PPF ou une PA partenaire, à confirmer selon votre version
• Conformité loi 2018 : certification NF 525, la norme la plus reconnue de l'administration française
• Positionnement : facturation, devis, gestion commerciale en desktop ou cloud, export comptable
• Tarif : dès 19€ HT/mois en cloud
• Limite : ergonomie plus classique que les pure players cloud récents

8 à 18. Les autres solutions conformes

Onze autres solutions complètent la sélection. Nous distinguons celles qui sont immatriculées Plateforme Agréée (e-facture gérée en propre) de celles qui restent des logiciels de facturation non immatriculés : ces derniers sont utilisables, mais s'appuieront sur le PPF ou sur une PA partenaire pour transmettre vos factures.

Plateformes Agréées immatriculées :

• Cegid Loop : solution d'un éditeur français de référence pour PME, ETI et experts-comptables, Plateforme Agréée immatriculée, conformité native, tarif sur devis.
• Axonaut : ERP français tout-en-un (CRM, facturation, projet, RH) pour TPE de services, Plateforme Agréée immatriculée, dès 97€ HT/mois tout inclus (par utilisateur), données hébergées en France.
• Abby : appli de facturation et de gestion pensée pour les auto-entrepreneurs, Plateforme Agréée immatriculée, formule gratuite puis premium, déclarations Urssaf intégrées.
• Esker : Plateforme Agréée immatriculée orientée moyennes et grandes entreprises (dématérialisation des achats et des ventes, P2P/O2C), tarif sur devis.
• Iopole : Plateforme Agréée immatriculée souvent intégrée par les experts-comptables et éditeurs comme « moteur » e-facture, plus que comme logiciel de facturation grand public.
• Yooz : Plateforme Agréée immatriculée spécialiste de la dématérialisation et de l'automatisation des factures fournisseurs (P2P) pour PME et ETI, tarif sur devis.

Logiciels de facturation non immatriculés (via PPF ou PA partenaire) :

• Evoliz : logiciel de facturation français 100% en ligne (groupe Visma), simple et certifié NF, dès 29€ HT/mois (≈14,50€ en annuel) ; raccordement e-facture inclus via Chaintrust, la PA du groupe.
• QuickBooks : logiciel international d'Intuit adapté à la France, attestation loi 2018, dès 12€ HT/mois, fort sur le multi-devises ; e-facture via PPF/partenaire.
• Sinao : logiciel de facturation et de gestion 100% français pour indépendants et TPE, dès 9€ HT/mois, export FEC pour votre expert-comptable.
• Henrri : logiciel de facturation gratuit (groupe Rivalis) pour freelances et TPE, simple et conforme loi 2018 ; e-facture via PPF/partenaire.
• Freebe : outil de facturation et de suivi d'activité dédié aux freelances et micro-entrepreneurs, dès ~6€ HT/mois ; e-facture via PPF/partenaire.

Un logiciel non immatriculé Plateforme Agréée n'est pas pour autant « non conforme » : il peut transmettre vos factures via le PPF gratuit ou via une PA partenaire. Vérifiez la solution de raccordement proposée par l'éditeur avant le 1er septembre 2026.

4. Tableau comparatif

Immatriculée Plateforme Agréée inscrite sur la liste officielle DGFiP  ·  Non immatriculée logiciel de facturation conforme, e-facture via le PPF ou une PA partenaire.

Tarifs indicatifs 2026 hors promotions, en HT. Le statut Plateforme Agréée (ex-PDP) évolue vite : la liste officielle des plateformes immatriculées est publiée et mise à jour sur impots.gouv.fr (plus de 130 plateformes au 11 juin 2026). Vérifiez-la avant tout engagement.

5. Comment choisir selon votre profil

Le bon logiciel dépend de votre statut, de votre volume de factures et de la présence ou non d'un expert-comptable. Raisonnez par profil plutôt que par classement absolu.

• Freelance ou micro-entrepreneur : visez la gratuité et le statut PDP. Indy et Tiime couvrent la facturation gratuitement et gèrent déjà l'e-facture. Pour aller plus loin sans frais, voyez aussi notre comparatif des logiciels de comptabilité gratuits.
• TPE avec un expert-comptable : Pennylane simplifie la collaboration, car de nombreux cabinets travaillent nativement dessus. Le logiciel et le cabinet se complètent.
• Artisan, commerçant, BTP (encaissements B2C) : la conformité loi 2018 prime. EBP (NF 525) ou une solution de caisse certifiée restent des valeurs sûres, en plus du raccordement e-facture.
• PME avec volume et gestion commerciale : Sage, Cegid Loop ou Sellsy selon que vous priorisez la comptabilité ou le CRM. Pensez au compte pro adapté dans notre comparatif des meilleurs comptes pro.

6. Vérifier la conformité avant de signer

Avant tout engagement ou contrôle fiscal, assurez-vous de pouvoir prouver les deux conformités. Voici la checklist.

• Demandez l'attestation loi 2018 : tout éditeur conforme la fournit sur simple demande. S'il ne peut pas, changez de logiciel. Conservez-la tant que vous utilisez l'outil et 6 ans après.
• Vérifiez la certification NF 525 : délivrée par AFNOR Certification, c'est la preuve la plus solide pour les logiciels de caisse. La liste des produits certifiés est publiée par l'AFNOR.
• Contrôlez le statut PDP : consultez la liste officielle des Plateformes de Dématérialisation Partenaire immatriculées sur impots.gouv.fr, ou notre récapitulatif pour consulter les plateformes agréées immatriculées. Une promesse marketing « bientôt conforme » ne vaut pas une immatriculation effective.
• Vérifiez les formats supportés : Factur-X, UBL et CII sont les formats structurés attendus. Un logiciel qui ne génère que des PDF non structurés ne sera pas conforme à l'émission.

7. Questions fréquentes