Expert-comptable médecin libéral : 2035, secteur 1 et tarifs 2026

1. BNC, micro ou déclaration contrôlée : quel régime pour un médecin ?

Les honoraires d'un médecin libéral relèvent des bénéfices non commerciaux (BNC). Deux régimes existent : le micro-BNC, possible tant que les recettes ne dépassent pas 83 600 € par an en 2026, et la déclaration contrôlée, c'est-à-dire le régime réel des BNC.

Un généraliste installé dépasse le plus souvent ce plafond : il relève alors de plein droit de la déclaration contrôlée. Le micro reste pertinent pour un remplaçant ou une première année d'activité. Un médecin sous le seuil peut aussi opter pour le réel, et il y a souvent intérêt en secteur 1, car les déductions forfaitaires décrites plus bas ne s'appliquent qu'en déclaration contrôlée.

La comptabilité BNC est une comptabilité de trésorerie : on retient les honoraires encaissés dans l'année, y compris les règlements de l'Assurance maladie en tiers payant, et les dépenses effectivement payées. Les relevés de télétransmission et de tiers payant doivent donc être rapprochés des encaissements bancaires, ce qui prend du temps quand les rejets et les régularisations s'accumulent. Pour le détail ligne par ligne, voir notre fiche sur la déclaration 2035 et notre guide de la comptabilité d'une profession libérale. Si vous sortez du micro, lisez aussi comment passer du micro-BNC au réel.

2. Médecin secteur 1 : les trois déductions forfaitaires

C'est la vraie spécificité fiscale du médecin conventionné en secteur 1, et l'erreur la plus fréquente quand on fait sa 2035 seul : oublier une déduction ou la calculer sur la mauvaise base. Au régime de la déclaration contrôlée, la doctrine fiscale (BOI-BNC-SECT-40) admet trois déductions qui s'ajoutent aux charges réelles.

Pour les omnipraticiens, le barème du groupe III est le suivant. Les spécialistes médicaux, les chirurgiens et les électroradiologistes qualifiés ont leurs propres barèmes dans le même texte.

Exemple chiffré : un généraliste secteur 1 à 120 000 € d'honoraires

Prenons un généraliste secteur 1 qui encaisse 120 000 € d'honoraires sur l'année, dont 115 000 € d'honoraires conventionnels et 5 000 € de dépassements autorisés.

• Abattement de 2 % sur les recettes brutes : 120 000 € x 2 % = 2 400 €
• Groupe III (honoraires conventionnels au-delà de 30 450 €) : 3 050 €
• Déduction complémentaire de 3 % : 115 000 € x 3 % = 3 450 €

Total : 8 900 € de bénéfice imposable en moins. Avec une tranche marginale d'imposition à 30 %, cela représente environ 2 670 € d'impôt sur le revenu par an. Oublier ces lignes sur une 2035 faite à la main coûte donc plus cher que n'importe quel abonnement comptable.

3. Secteur 2 et OPTAM : ce qui change

Le médecin secteur 2 fixe ses honoraires avec tact et mesure, au-delà des tarifs opposables. Trois conséquences pour sa comptabilité :

• Pas de déductions forfaitaires du secteur 1 : les frais de représentation, de déplacement ou de blanchissage se déduisent pour leur montant réel, justificatifs à l'appui.
• Des cotisations plus lourdes : sans adhésion à l'OPTAM, l'Assurance maladie ne prend pas en charge une partie des cotisations maladie et allocations familiales, et la cotisation ASV de la CARMF reste entièrement à votre charge.
• L'OPTAM change la donne en partie : l'adhérent à l'option de pratique tarifaire maîtrisée bénéficie d'une prise en charge sur la part de son activité réalisée aux tarifs opposables. La déclaration sociale comporte une rubrique dédiée à ces honoraires, à compléter avec le relevé fourni par l'Assurance maladie.

Un médecin secteur 2 peut aussi relever du régime général des travailleurs indépendants plutôt que du régime des praticiens et auxiliaires médicaux conventionnés (PAMC) : la brochure fiscale 2026 prévoit ce cas avec une case spécifique sur la déclaration. Le choix a des effets sur la protection sociale et les cotisations : c'est typiquement une question à poser à un expert-comptable avant de décider.

4. URSSAF, CARMF et déclaration sociale

Le médecin conventionné relève du régime des PAMC pour l'assurance maladie et de la CARMF pour la retraite. En secteur 1, l'Assurance maladie finance une part importante de ces cotisations : c'est un avantage réel, mais il dépend de données (relevé d'honoraires SNIR, ratio d'activité conventionnée) qu'il faut vérifier chaque année.

Ce que l'Assurance maladie prend en charge en secteur 1

La prise en charge ne porte que sur la part conventionnée de l'activité, calculée avec un ratio recettes conventionnées sur recettes totales. Des honoraires mal ventilés (expertises, activité en établissement, dépassements) faussent ce ratio et donc le montant pris en charge.

La retraite à la CARMF

Les cotisations sont appelées en provisionnel puis régularisées quand le revenu est connu : une année de forte hausse se paie l'année suivante. Mettre de côté une part de chaque encaissement évite le choc de la régularisation. Notre guide sur la comptabilité des professions libérales détaille ces mécanismes pour les autres caisses.

La déclaration sociale : volet PAMC de la déclaration de revenus

Les médecins conventionnés ne déposent plus de déclaration sociale séparée auprès de l'URSSAF : ils remplissent le volet social PAMC intégré à la déclaration de revenus sur impots.gouv.fr, l'équivalent pour eux de la DSFU des autres indépendants. Les rubriques sont préremplies avec le relevé d'honoraires de l'Assurance maladie, à vérifier et à corriger si besoin. Depuis la déclaration 2026 sur les revenus 2025, la réforme de l'assiette sociale s'applique : les cotisations sont calculées sur un revenu brut social, diminué d'un abattement forfaitaire de 26 %. La déclaration reste obligatoire même avec un revenu nul ; à défaut, une pénalité de 5 % des cotisations est encourue.

5. TVA, CFE et exonérations

TVA : les soins sont exonérés, pas tout le reste

L'article 261, 4, 1° du Code général des impôts exonère de TVA les soins dispensés aux personnes par les membres des professions médicales et paramédicales réglementées. La consultation, l'acte technique, la visite : pas de TVA. L'exonération ne couvre en revanche que les prestations ayant une finalité thérapeutique ou de diagnostic. Restent taxables :

• les actes à visée purement esthétique, sans finalité thérapeutique ;
• les expertises dont l'objet principal est de permettre à un tiers (assureur, juge, employeur) de prendre une décision produisant des effets juridiques ;
• les recettes sans lien avec les soins, comme la sous-location d'un local équipé.

Si ces recettes taxables restent modestes, la franchise en base vous dispense de facturer la TVA : en 2026, le seuil pour les prestations de services est de 37 500 € (41 250 € en seuil majoré). Au-delà, vous devenez redevable de la TVA sur ces seules recettes, ce qui suppose une comptabilité qui sépare les deux flux. Revers de l'exonération : vous ne récupérez pas la TVA sur vos achats. Matériel, loyer, logiciel ou honoraires comptables vous coûtent leur prix TTC.

CFE : due, mais parfois exonérée

Le médecin libéral est redevable de la cotisation foncière des entreprises, y compris le remplaçant. L'année de création, la CFE n'est pas due. Deux dispositifs spécifiques méritent d'être vérifiés à l'installation :

• Article 1464 D du CGI : les communes peuvent exonérer de CFE, pour deux à cinq ans, les médecins qui s'installent dans une commune de moins de 2 000 habitants ou en zone de revitalisation rurale. Il faut vérifier la délibération de votre commune.
• Article 151 ter du CGI : les rémunérations perçues au titre de la permanence des soins dans les zones déficitaires en offre de soins sont exonérées d'impôt sur le revenu, dans la limite de 60 jours de permanence par an.

6. Les frais déductibles d'un cabinet médical

Au réel, tout ce qui est payé dans l'intérêt de l'activité et justifié se déduit. Les postes typiques d'un médecin :

7. Médecin remplaçant : statut et rétrocessions

Le remplaçant exerce en libéral sous son propre nom fiscal. Le titulaire encaisse les honoraires des actes réalisés pendant le remplacement, puis en reverse une part convenue au remplaçant : la rétrocession d'honoraires.

• Côté titulaire : il déclare l'intégralité des honoraires encaissés et déduit la rétrocession versée sur sa 2035. Il doit aussi déclarer les rétrocessions dépassant 2 400 € par an et par bénéficiaire sur la DAS2 (article 240 du CGI).
• Côté remplaçant : ses recettes sont les rétrocessions perçues. Sous 83 600 €, le micro-BNC est souvent la formule la plus simple, avec un abattement de 34 %. Dans la déclaration sociale, il indique le montant brut de ses rétrocessions et zéro en dépassements.
• Petite activité de remplacement : le régime simplifié des professions médicales (RSPM) permet aux remplaçants dont les recettes ne dépassent pas 19 000 € par an de déclarer et payer leurs cotisations par un service en ligne unique de l'URSSAF, avec un taux global.

À retenir pour le remplaçant : la CFE reste due, et le passage au réel devient intéressant dès que les frais réels (déplacements, logement près du lieu de remplacement, assurance) dépassent 34 % des recettes. Notre guide du micro-BNC détaille le calcul.

8. SCM, SELARL et cumul emploi-retraite

Cabinet de groupe en SCM

La société civile de moyens partage les frais communs (loyer, secrétariat, matériel) entre associés qui gardent chacun leur patientèle et leurs honoraires. Elle est fiscalement transparente : elle dépose une déclaration 2036 qui répartit les charges entre associés, et chacun reporte sa quote-part sur sa propre 2035. Les services qu'elle rend à ses membres peuvent être exonérés de TVA sous conditions (article 261 B du CGI). Une SCM à trois ou quatre associés, avec une secrétaire salariée, justifie presque toujours un expert-comptable : la clé de répartition, la paie et la cohérence entre 2036 et 2035 sont des sources d'erreurs.

SELARL : quand y penser

En SELARL soumise à l'impôt sur les sociétés, le bénéfice est imposé dans la société, le médecin se verse une rémunération (article 62 du CGI pour le gérant majoritaire) et éventuellement des dividendes. L'intérêt : laisser une partie du résultat dans la société à l'IS, au taux réduit de 15 % jusqu'à 42 500 € de bénéfice sous conditions, pour financer du matériel ou constituer une réserve. Les contreparties : comptabilité d'engagement complète, bilan, liasse fiscale, assemblée annuelle, et dividendes soumis à cotisations sociales pour la part qui dépasse 10 % du capital, des primes d'émission et des comptes courants. Le gérant majoritaire reste affilié au régime PAMC et à la CARMF. Une SELARL se décide sur simulation chiffrée, pas sur un seuil de bénéfice unique.

Cumul emploi-retraite

Le médecin retraité peut reprendre ou poursuivre une activité libérale, souvent en remplacement. Il reste redevable des cotisations URSSAF et CARMF sur ses revenus d'activité. Les règles du cumul évoluent : la CARMF a voté fin 2025 l'ouverture de nouveaux droits en retraite complémentaire pour les médecins en cumul, et une réforme des conditions de cumul est annoncée pour 2027. Avant de reprendre une activité, faites vérifier votre situation à partir du guide du cumul publié par la CARMF.

9. Logiciel ou expert-comptable : combien ça coûte ?

Le médecin étant exonéré de TVA sur ses soins, il ne récupère pas la TVA facturée par son comptable ou son logiciel : comparez les prix TTC. Tous ces coûts sont déductibles du bénéfice BNC. Attention en revanche à une idée reçue : la réduction d'impôt pour frais de comptabilité des adhérents d'un organisme de gestion agréé (article 199 quater B du CGI, plafonnée à 915 €) a été supprimée à compter de l'imposition des revenus 2025.

Les prix d'entrée des cabinets en ligne correspondent à leur offre d'entrée pour un libéral en BNC (tarifs relevés le 29/09/2026) ; un volume de pièces élevé, une SCM ou la paie d'une secrétaire font monter la facture. La fourchette des cabinets spécialisés santé est notre estimation de marché, pas un barème : demandez toujours une lettre de mission chiffrée. Notre guide du coût d'un expert-comptable pour un professionnel de santé détaille les tarifs par profil, et le simulateur de tarif donne une estimation en deux minutes.

Indy Autonomie : pour qui, et avec quelles limites

Indy est un logiciel, pas un cabinet d'expertise comptable. Sa formule Autonomie vise le libéral au réel qui veut faire sa comptabilité lui-même, guidé : catégorisation des opérations bancaires, préparation et télétransmission de la 2035, TVA si besoin, DSFU, CFE, DAS2 et 2042-C-PRO, avec des réponses illimitées par chat et par e-mail. Indy annonce une garantie fiscale : si une erreur imputable à Indy est contestée par l'administration, Indy prend en charge les pénalités et majorations. La formule gratuite ne comprend pas la 2035 ; la formule Sérénité ajoute un expert-comptable partenaire, la certification des comptes et trois heures de rendez-vous par an.

Ce qu'un logiciel ne fait pas : pas de lettre de mission, pas de conseil engageant la responsabilité d'un expert-comptable, pas de gestion d'une SCM ou d'une SELARL. Pendant le mois d'essai, vérifiez aussi que vos déductions secteur 1 (2 %, groupe III, 3 %) sont bien reportées dans la 2035 générée, et pensez à vos autres options de logiciel pour profession libérale. Notre comparatif Indy ou expert-comptable tranche le sujet en détail.

10. Quelle solution selon votre profil

Pour comparer les cabinets spécialisés, consultez notre sélection des meilleurs experts-comptables pour professions libérales. Les autres professions de santé ont leurs propres pages : infirmier libéral, kinésithérapeute, ostéopathe et psychologue.

Questions fréquentes